УФСИН России по Сахалинской области является территориальным органом Федеральной службы исполнения наказаний, созданным федеральным органом уголовно-исполнительной системы на территории Сахалинской области для осуществления задач и функций в сфере исполнения уголовных наказаний, содержания лиц, находящихся под стражей, руководства учреждениями, исполняющими уголовные наказания, следственными изоляторами, Управлением по конвоированию и другими подведомственными учреждениями, входящими в УИС. Руководство Управлением и контроль за его деятельностью осуществляет Федеральная служба исполнения наказаний.